ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკადემიური საბჭოს 2012 წლის დადგენილებით, ბათუმის ბიზნესისა და ტექნოლოგიების სამეცნიერო-კვლევითი და სასწავლო ინსტიტუტის და მემბრანული ტექნოლოგიების სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტის გაერთიანებით შეიქმნა აგრარული და მემბრანული ტექნოლოგიების ინსტიტუტი.

 ბათუმის ბიზნესისა და ტექნოლოგიების სამეცნიერო-კვლევითი და სასწავლო ინსტიტუტის ისტორია 1943 წლიდან იწყება. ქ. ოდესის კვების მრეწველობის სამეცნიერო ორგანიზაციის ევაკუაციის შედეგად, ბათუმში ციტრუსკომბინატის ბაზაზე შეიქმნა მცირე სიმძლავრის სამეცნიერო ლაბორატორია, რომელმაც შემდგომში ფუნქციონირება გააგრძელა 1961 წელს, ქ. თბილისში ჩამოყალიბებული კვების მრეწველობის სამეცნიერო კვლევითი ინსტიტუტის ბათუმის ფილიალის სტატუსით.

1981 წელს შეიქმნა სუბტროპიკული ნაყოფის შენახვისა და გადამუშავების სრულიად საკავშირო სამეცნიერო კვლევითი და ექსპერიმენტული საკონსტრუქტორო ინსტიტუტი.  შესაბამისად, გაფართოვდა მატერიალურ ტექნიკური ბაზა, აშენდა თანამედროვე აპარატურით აღჭურვილი საინჟინრო ლაბორატორიული კომპლექსი, ექსპერიმენტული  მექანიკური და ტექნოლოგიური საწარმოები. 1992 წლიდან ინსტიტუტი ჩამოყალიბდა ბათუმის ბიზნესისა და ტექნოლოგიების  სამეცნიერო კვლევით და სასწავლო კვლევით ინსტიტუტად. თავისი არსებობის მანძილზე ინსტიტუტში შემუშავდა 100-ზე მეტი ტექნოლოგია, ნორმატიულ ტექნიკური დოკუმენტაცია, ციტრუსოვანთა ნაყოფის სასაქონლო და სამრეწველო გადამუშავების მიმართულებით, მანდარინის ნაყოფის დაკალიბრების, გასანთვლის, ყუთებში ჩაწყობის, შენახვის, თესლოვანი  და  კურკოვანი ხილის გამხეხი და დამჭრელი დანადგარები და მოწყობილობები. ინსტიტუტმა მოიპოვა აღიარება და მიენიჭა სუბრტოპიკული ხილის შენახვა გადამუშავების მიმართულებით სათაო ინსტიტუტის სტატუსი. სასწავლო მიმართულებით მომზადდა 400-ზე მეტი მაღალკვალიფიციური სპეციალისტი.

1999 წლიდან ინსტიტუტი აქტიურად ახორციელებს სამეცნიერო საგრანტო პროექტებს. მსოფლიო ბანკის და საქართველოს მთავრობის მიერ დაფინანსებული საკონკურსო საგრანტო პროექტების ფარგლებში მრავალი სახის სამეცნიერო პროდუქცია გამოიცადა და დაინერგა.

მემბრანული ტექნოლოგიის სამეცნიერო კვლევითი ინსტიტუტი ერთადერთია საქართველოში, რომელიც მუშაობს მემბრანული ტექნოლოგიური პროცესების სხვადასხვა მიმართულებაზე: მაღალსელექტიური პოლიმერული მემბრანების შემუშავებაზე, შექმნაზე, შესწავლაზე, სრულყოფაზე, მემბრანული დანადგარების დამზადებასა და მათ დანერგვაზე სხვადასხვა დაწესებულებაში (სამედიცინო, ქიმიურ-ფარმაცევტულ ქარხნებში, გადამამუშავებელი მრეწველობის, აგროსამრეწველო სფეროს ცალკეულ დარგებსა და ფირმებში), თუ ინდივიდუალური მოხმარებისათვის.

მე-20 საუკუნის 70-იან წლებში ბათუმში მემბრანული აპარატებისა და პროცესების კვლევების ცენტრის ჩამოყალიბების იდეა ეკუთვნის პროფესორ კირილე სალდაძეს. 1972 წელს ბათუმში შეიქმნა მოსკოვის პლასტმასების სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტის სამეცნიერო-კვლევითი ჯგუფი, რომელმაც საფუძველი ჩაუყარა ბათუმში დიდი სამეცნიერო-კვლევითი და ექსპერიმენტული ინსტიტუტის ჩამოყალიბებას. 1984 წელს ბათუმის #113 ლაბორატორია გარდაიქმნა №23 განყოფილებად, სადაც ფუნქციონირებდა 4 ლაბორატორია და საცდელი საამქრო. ის იყო ერთადერთი კვლევითი ორგანიზაცია საბჭოთა კავშირში, რომელიც კომპლექსურად იკვლევდა მემბრანულ-სორბციულ პროცესებს, ტექნოლოგიებსა და აპარატებს, ქმნიდა ახალი თაობის სხვადასხვა დანიშნულების აპარატებს, იონგაცვლითი ფისების მოდიფიკაციებს სპეციალური დანიშნულებისათვის. აქ პირველად პრაქტიკაში შეიქმნა სასმელი წყლის კონდიციონირებისათვის ბრომსელექტიური სორბენტი, შემდეგ - კომბინირებული ბორ-ბრომ სელექტიური სორბენტი.

1992 წლის 10 მარტის დადგენილებით №23 განყოფილების ბაზაზე, სამეურნეო ანგარიშზე შეიქმნა ბათუმის მემბრანული ტექნოლოგიების სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტი. თვითდაფინანსებაზე გადაყვანამ სამეცნიერო კადრების მნიშვნელოვნად შეამცირა, მიუხედავად აღნიშნულისა, ძირითადი ბირთვი ინსტიტუტს მაინც შემორჩა. 2001 წლის 8 მარტს აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის მინისტრთა საბჭოს დადგენილებით ინსტიტუტს მიენიჭა „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის“, სტატუსი, რამაც დასაბამი მისცა სამეცნიერო კვლევების მნიშვნელოვან ამაღლებას. საქართველოს სხვადასხვა რაიონში, სხვადასხვა წარმოება-დაწესებულებაში დაინერგა 30-მდე ელექტრო და ბარომემბრანული დანადგარი.

2006 წლიდან საქართველოს მთავრობის დადგენილებით, საქართველოს პრეზიდენტის ინიციატივით, ქალაქ ბათუმის საუნივერსიტეტო ქალაქად გარდაქმნის მიზნით, ინსტიტუტი შეუერთდა შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტს, როგორც მისი სტრუქტურული ერთეული.