სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიისა და არქეოლოგიის საკითხების კვლევა  ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტმა დაარსების პირველივე დღეებიდან (1958 წ.) დაიწყო. დარგობრივი – ეთნოგრაფია-არქეოლოგიის განყოფილება კი სამი წლის შემდეგ, 1961 წელს შეიქმნა ეთნოგრაფიის განყოფილების გაფართოება-გამსხვილებით. შედგა პირველი არქეოლოგიური ექსპედიციები საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის, ბათუმის სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტის და ივ.ჯავახიშვილის სახელობის ისტორიის ინსტიტუტის წარმომადგენელთა მონაწილეობით ჩოლოქის აუზის რკინის მეტალურგიის კერების შესასწავლად.

წლების განმავლობაში წარმატებით მიმდინარეობდა ნეოლითური ხანის ნამოსახლარების (ქობულეთი, ხუცუბანი, კვირიკე, ჯიხანჯური, მახვილაური), ისპანის ტორფქვეშა ნამოსახლარის, ფიჭვნარის ნაქალაქარის, ბათუმისა ციხის, პეტრა-ციხისძირის, გონიო-აფსაროსის, ხინოს საეპისკოპოსო კომპლექსის, აჭარისწყლის ხეობის საკულტო, საფორტიფიკაციო და სხვა სახის სიძველეთა აღმოჩენა-შესწავლა.

1979 წელს ჩამოყალიბდა ძველი ისტორიისა და არქეოლოგიის განყოფილება, ხოლო 1986 წელს მას გამოეყო და ცალკე სტრუქტურულ ერთეულად ჩამოყალიბდა ისტორიის განყოფილება, რომელმაც კვლევის საერთო თემად შეარჩია “სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიის საკითხები”  და დაამუშავა უმნიშვნელოვანესი პრობლემები ამ მიმართულებით.

2003 წელს ისტორიის განყოფილებაში შეიქმნა ტბელ აბუსერისძის ცხოვრებისა და მოღვაწეობის შემსწავლელი ჯგუფი, 2009 წელს კი განყოფილების თაოსნობით საფუძველი ჩაეყარა საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციას „ბათუმი – წარსული და თანამედროვეობა“ (2009-2010 წწ.-ში – I-II კონფერენცია).

2011 წლიდან ისტორიისა და არქეოლოგიის განყოფილებები კვლავ გაერთიანდა. გაერთიანებული განყოფილების სამეცნიერო კვლევის სფეროა „სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიისა და არქეოლოგიის საკითხები უძველესი დროიდან დღემდე“.

2012-2019 წწ-ში ჩაატარა 8 საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენცია „ბათუმი – წარსული და თანამედროვეობა“ (III-X კონფერენცია).

ბსუ ქრისტიანული კვლევის ცენტრთან ერთად 2011-2019 წწ-ში ჩაატარა 9 საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენცია „ჩვენი სულიერების ბალავარი“ (III-XI კონფერენცია).

ისტორიისა და არქეოლოგიის განყოფილებების მეცნიერ-თანამშრომლების კვლევის შედეგები აისახებოდა როგორც ცალკეულ სტატიებსა და მონოგრაფიებში, ისე დარგობრივ კრებულებში:

1.  „სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ძეგლები“ – I-XXII ტომი (1964-2012);
2. „სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიის საკითხები“ – I-V ტომი (1991-2010);
3. „სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიისა და არქეოლოგიის საკითხები“ − I (VI)-III (VIII) ტომი (2016-2018);
4. ჩვენი სულიერების ბალავარი – I-XI ტომი (2009-2019);
5. ბათუმი – წარსული და თანამედროვეობა – I-X ტომი (2009-2019);

ამჟამად, განყოფილება, ძირითადად, მუშაობს სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოში XV-XX სს.-ში მიმდინარე ეროვნულ-განმათავისუფლებელი ბრძოლების და პეტრე-ციხისძირის კომპლექსის საკითხების შესწავლაზე. აგრეთვე, აქტიურად მონაწილეობს ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტისა და ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტის მიერ დაგეგმილ სამეცნიერო თუ კულტურულ-საგანმანათლებლო ღონისძიებებში.