ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტი რამდენიმე ათეული წელია საფუძვლიანად იკვლევს ეთნოგრაფიის (ეთნოლოგია), არქეოლოგიის, ისტორიის, ფოლკლორის, ემიგრანტული ლიტერატურის, დიალექტოლოგიის, ზეპირსიტყვიერების, ეკონომიკისა და სოციოლოგიის აქტუალურ საკითხებს.  ინსტიტუტმა შეიმუშავა ახალი სამეცნიერო–კვლევითი მუშაობის გეგმა, რომელიც ითვალისწინებს სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიულ–არქეოლოგიურ, ეთნოლოგიურ, ფოლკლორულ–დიალექტოლოგიურ, ემიგრანტულ, სოციოლოგიური საკითხების შესწავლას (2018–2022 წლები). სამეცნიერო–კვლევითი მუშაობის მიღწეული შედეგები და ის პრობლემები, რომლებსაც მიმართულება ისახავს უახლესი პერიოდისათვის, მყარ საფუძველს ქმნის იმისათვის, რომ უნივერსიტეტი გახდეს არა მარტო საგანმანათლებლო, არამედ სამეცნიერო კვლევითი საქმიანობის წამყვან ცენტრად საქართველოში.

სამეცნიერო დაწესებულებას შეუძლია, აქტიური როლი შეასრულოს უნივერსიტეტის სამაგისტრო და სადოქტორო პროგრამების შემუშავებასა და განხორციელებაში ზემოთ ჩამოთვლილ მეცნიერებათა დარგებში, რითაც იგი დიდ წვლილს შეიტანს ახალგაზრდა მეცნიერთა კადრების მომზადებაში.

ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტის უახლესი წლების სამეცნიერო–კვლევითი მუშაობის მთავარ ამოცანად კვლავ რჩება ინსტიტუტის შრომების მომზადება და გამოცემა.

ისტორიის და არქეოლოგიის განყოფილება

1. ეროვნულ-განმათავისუფლებელი ბრძოლა სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოში XV-XX ს-ის 90-იან წწ. (2018-2022 წწ.)
2. ციხისძირის კომპლექსური არქეოლოგიური ძეგლი (ისტორიულ–არქეოლოგიური კვლევა) (2018-2022 წწ.)
3. ყოველწლიური საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციის „ჩვენი სულიერების ბალავარი“ მომზადება და ჩატარება; კონფერენციის მასალების მომზადება და გამოქვეყნება  − 2018-22 წწ.
4. ყოველწლიური საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციის „ბათუმი-წარსული და თანამედროვეობა“ მომზადება და ჩატარება; კონფერენციის მასალების მომზადება და გამოქვეყნება  − 2018-22 წწ.
5. სხვადასხვა ფონდის მიერ გამოცხადებულ ყოველწლიურ სამეცნიერო გრანტებში მონაწილეობა
6. დარგობრივი კრებულის „სამხრეთ დასავლეთ საქართველოს ისტორიისა და არქეოლოგიის საკითხების“ მომზადება და გამოცემა
7. სამეცნიერო სტატიების მომზადება ეთნოლოგიური კვლევა-ძიების სხვადასხვა საკითხებზე ინსტიტუტის ყოველწლიური შრომებისათვის (2018-2022 წლები).

ეთნოლოგიისა და სოციოლოგიური კვლევის განყოფილება

1. ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტის ფონდებში დაცული ეთნოგრაფიული მასალების (საექსპედიციო დღიურები) თემატური დამუშავება, გამოსაცემად მომზადება და გამოცემა (2018-2022 წწ.)
2. საველე სამეცნიერო ექსპედიციების განხორციელება აჭარასა და თურქეთში
3. დევსქელისა და მურღულის ხეობების ქართული სოფლების ეთნოკულტურული შესწავლა (2018-2022წწ)
4. „ქ. ბათუმის სხვადასხვა სოციალური ჯგუფის სოციოლოგიური კვლევა (რესპოდენტთა სოციოლოგიური გამოკითხვის მასალების მიხედვით)“ (2018-2022წწ)
5. ეთნოლოგიური კრებულების („სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ეთნოლოგიის პრობლემები“ (IV-VII,VIII,IX, X ტომები) (2018-2022) მომზადება და გამოცემა.
6. სამეცნიერო სტატიების მომზადება ეთნოლოგიური კვლევა-ძიების სხვადასხვა საკითხებზე ინსტიტუტის ყოველწლიური შრომებისათვის (2018-2022 წლები).
7. მონაწილეობა ყოველწლიურ სხვადასხვა ადგილობრივ და საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციებში
8. ყოველწლიურ სამეცნიერო გრანტებში მონაწილეობა, რომლებიც სრულდება შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდისა და ბსუ-ს ფარგლებში

ფოლკლორის, დიალექტოლოგიისა და ემიგრანტული ლიტერატურის კვლევის განყოფილება

1. აჭარული და ტაო-კლარჯული კილოების სიტყვის კონის (ლექსიკონი) შეკრება, დამუშავება და გამოცემა  (2018-2022 წწ)
2. სამეცნიერო მივლინებები სტამბულის ქართულ სავანეში, იქ არსებული სამეცნიერო ლიტერატურისა და არქივის დასამუშავებლად (2018-2022წწ)
3. ქართული ემიგრანტული მწერლობისა და პრესის კვლევა, სამეცნიერო პუბლიკაციების მომზადება (2018-2022წწ)
4. ფოლკლორულ-დიალექტოლოგიური კრებულის „აჭარული საუნჯე“ ტომების სახით მომზადება ინსტიტუტის არქივში დაცული მასალების გამოყენებითა და ახალი ტექსტების მოძიების საშუალებით (2018-2022 წ.);
5. სამეცნიერო სტატიების მომზადება ფოლკლორულ, დიალექტოლოგიური და ემიგრანტული ლიტერატურის სხვადასხვა საკითხებზე ინსტიტუტის ყოველწლიური შრომებისათვის (2018-2022 წლები).
6. მონაწილეობა ყოველწლიურ სხვადასხვა ადგილობრივ და საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციებში
7. ყოველწლიურ სამეცნიერო გრანტებში მონაწილეობა, რომლებიც სრულდება შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდისა და ბსუ-ს დაფინანსების ფარგლებში.