ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტი არის სამართალმემკვიდრე 1958 წელს შექმნილი საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის ნიკო ბერძენიშვილის სამეცნიერო–კვლევითი ინსტიტუტისა, რომელიც 2011 წლიდან შევიდა ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის დაქვემდებარებაში.

ამჟამად ინსტიტუტის განკარგულებაშია ნახევარსაუკუნეზე მეტი ხნის მანძილზე შექმნილი მდიდარი სამეცნიერო და კულტურული მემკვიდრეობა მეცნიერების ისეთ დარგებში, როგორიცაა: ეთნოგრაფია (ეთნოლოგია), არქეოლოგია, ისტორია, ფოლკლორი, ემიგრანტული ლიტერატურის კვლევა და დიალექტოლოგია, ზეპირსიტყვიერება, ეკონომიკა, სოციოლოგია. ეს დარგები შეისწავლებოდა და შეისწავლება დღესაც, სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს მასშტაბით.

აღნიშნული მეცნიერული პრობლემების შესწავლის შედეგად გამოცემულია 2200-ზე მეტი ნაშრომი შრომების, დარგობრივი კრებულების, მონოგრაფიების თუ სხვა გამოცემების სახით.

დიდ სამეცნიერო მიღწევად უნდა ჩაითვალოს სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ისტორიის ნარკვევების აჭარის ოთხტომეულის მომზადება და გამოცემა (2007–2012 წლებში), რომელიც მოიცავს პერიოდს უძველესი ხანიდან 1990 წლამდე. დაწყებულია მუშაობა ინსტიტუტის ფონდებში დაცული ფოლკლორულ–დიალექტოლოგიური მასალების გამოსაცემად. გამოიცა ამ მასალების ოთხი ტომი („აჭარული საუნჯე“).
2009 წელს ინსტიტუტის მეცნიერთა ძალებით მომზადდა და გამოიცა წიგნი - ალბომი “აჭარა” (იგი 2011 წელს მეორედ გამოიცა), 2016  ტურიზმის სახელმძღვანელო  „აჭარა-ტურისტულ მხარეთმცოდნეობითი რესურსები“.

ინსტიტუტი სისტემატიურად მართავს სამეცნიერო სესიებსა და კონფერენციებს, ასევე მონაწილეობს სხვადასხვა სახის რესპუბლიკურ და საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციებში, განსაკუთრებით აღსანიშნავია 2001-2016 წლების შედეგები. 2009 წლიდან სახალხო დღესასწაულის „ბათუმობის“ ფარგლებში ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტი ატარებს საერთაშორისო სამეცნიერო კონფერენციას - „ბათუმი-წარსული და თანამედროვეობა“, გამოცემულია კონფერენციის მასალები.  

ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტის განკარგულებაშია მდიდარი სამეცნიერო ფონდი საექსპედიციო დღიურების, წლიური ნაშრომების, ფოტოების, ილუსტრაციების სახით. სამეცნიერო დაწესებულებას ასევე ემსახურება სამეცნიერო ბიბლიოთეკა 20 ათასზე მეტი წიგნადი ფონდით, რომელიც შეიცავს იშვიათ გამოცემებს ქართულ, უცხოურ ენებზე და წარმოადგენს მნიშვნელოვან სამეცნიერო ბაზას საბაკალავრო, სამაგისტრო და სადოქტორო დისერტაციების მოსამზადებლად.

1997-2005 წლებში საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის დაფინანსებით განხორციელდა 15 საგრანტო პროექტი.  2008-2011 წლებში შესრულდა საქართველოს ეროვნული სამეცნიერო ფონდის მიერ დაფინანსებული პროექტი „მუსლიმური თემი თანამედროვეობის კონტექსტში“ (გრანტის მასალები დაიბეჭდა ორ წიგნად და ორი ბუკლეტის სახით).

2016 წელს დასრულდა მუშაობა შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდის მიერ დაფინანსებულ პროექტზე „სტამბულის ქართული სავანის ეპისტოლარული და მემუარული მემკვიდრეობის შესწავლა“, რის საფუძველზეც გამოიცა მონოგრაფია „მასალები სტამბულის ქართული სავანიდან“. 

ინსტიტუტის სამეცნიერო-კვლევით საქმიანობას საფუძვლად უდევს მდიდარი საარქივო და წერილობითი წყაროები, ძირითადად, სამეცნიერო-საექსპედიციო და მივლინების პერიოდში მოპოვებული მასალები. განვლილ პერიოდში ინსტიტუტმა ეთნოგრაფიული, არქეოლოგიური, ფოლკლორულ-დიალექტოლოგიური მიმართულებით ჩაატარა 130-მდე ექსპედიცია საქართველოსა (აჭარა, სამცხე-ჯავახეთი, გურია, სამეგრელო, სვანეთი, იმერეთი, ქართლი, კახეთი, ფშავ-ხევსურეთი) და თურქეთის რესპუბლიკაში მცხოვრები, ძირძველი და მუჰაჯირი ქართველებით დასახლებულ რაიონებში. ამ მხრივ, მეტად მნიშვნელოვანი იყო  კომპლექსური ექსპედიცია ეთნოლოგთა, ფოლკლორისტთა, ისტორიკოსთა და არქეოლოგთა მონაწილეობით ზემო მაჭახელში (2010), შავშეთში ( 2013), იმერხევში (2014), ტაოში (2015), ზემო მარადიდში (2016).

ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტთან შეერთების შემდეგ, ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტს, როგორც საჯარო სამართლის იურიდიულ პირს, შეეცვალა სახელი და გარდაიქმნა ნიკო ბერძენიშვილის ჰუმანიტარულ-სოციალურ მეცნიერებათა მიმართულებად. 2012 წლიდან მას ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტი ეწოდება.

ინსტიტუტი შედგება ადმინისტრაციისა და სამი განყოფილებისაგან: ისტორიისა და არქეოლოგიის; ეთნოლოგიისა და სოციოლოგიური კვლევის; ფოლკლორის, დიალექტოლოგიისა და ემიგრანტული ლიტერატურის კვლევის.

ნიკო ბერძენიშვილის ინსტიტუტის სამეცნიერო–კვლევითი მუშაობის საგანია აჭარისა და ისტორიული სამხრეთ-დასავლეთ საქართველოს ეთნოგრაფიის (ეთნოლოგიის), არქეოლოგიის, ფოლკლორისა და დიალექტოლოგიის, სოციოლოგიის, ტურიზმის სამეცნიერო პრობლემები. ინსტიტუტი ყოველწლიურად აწყობს სამეცნიერო ექსპედიციებს, აჭარასა და მის ფარგლებს გარეთ (თურქეთის ქართული რაიონები) გამოსცემს შრომებს, ბუკლეტებს. მონაწილეობს საერთაშორისო და სხვასა მეცნიერო კონფერენციებში.