აგროტექნოლოგიისა და აგროინჟინერიის დეპარტამენტი ჩამოყალიბდა 1996 წელს მექანიზაცია-ელექტრიფიკაციის კათედრის სახით, საქართველოს აგრარული უნივერსიტეტის სასოფლო-სამეურნეო ინსტიტუტის გახსნის დღიდან.
1997-1999 წლამდე კათედრაზე სალექციო კურსებს კითხულობდა კონსტანტინე ამირეჯიბის სახელობის მექანიზაცია-ელექტრიფიკაციის კვლევითი ინსტიტუტის დირექტორი, სოფლის მეურნეობის აკადემიის აკადემიკოსი, რევაზ მახარობლიძე, რომლის ხელმძღვანელობითაც 1998 წელს შეიქმნა და გამოიცადა ჩაის მძიმედ სასხლავი აპარატი, ბელარუსის ტიპის ტრაქტორზე.
2004 წელს მექანიზაცია ელექტრიფიკაციის კათედრა გადაკეთდა აგროინჟინერიისა და აგრობიზნესის დეპარტამენტად, რომრლსაც ხელმძღვანელობდა ტექნიკის მეცნიერებათა კანდიდატი ზაურ ფუტკარაძე. ამ პერიოდისათვის დეპარტამენტში მუშაობდნენ პროფესორები: ომარ თედორაძე, იური ძირკვაძე, დოცენტები: შაქრო ქათამაძე, იროდი ზოიძე, მერაბ მამულაძე, უფროსი მასწავლებლები: ფადიკო აბუსელიძე, ნანული ახვლედიანი, ნანა ხარებავა, კონსტანტინე წულაძე, ლელა გოგავა, ოთარი შაინიძე და სხვები.
2009 წელს აგროინჟინერიისა და აგრობიზნესის დეპარტამენტი გადაკეთდა აგროტექნოლოგიისა და აგროინჟინერიის დეპარტამენტად, რომელსაც ამჟამად ხელმძღვანელობს ასოცირებული პროფესორი მერაბ მამულაძე.
დეპარტამენტში სამი პროგრამული მიმართულებაა:
1. აგროინჟინერია (მიმართულების ხელმძღვანელი ასოცირებული პროფესორი მერაბ მამულაძე)
2. აგროტექნოლოგია (მიმართულების ხელმძღვანელი პროფესორი რეზო ჯაბნიძე)
3. ნიადაგმცოდნეობა აგროქიმია (მიმართულების ხელმძღვანელი სოფლის მეურნეობის მეცნიერებათა დოქტორი შოთა ლომინაძე)
დეპარტამენტში მუშაობს 1 პროფესორი (რეზო ჯაბნიძე), 3 ასოცირებული პროფესორი (შოთა ლომინაძე, შოთა ლამპარაძე, მერაბ მამულაძე), 3 ასისტენტ პროფესორი (ნარგიზა ალასანია, ნოდარ ბერიძე, ინგა გაფრინდაშვილი) და მოწვეული მასწავლებლები (ლილი ბოლქვაძე, მირანდა გორგილაძე, ჯუმბერ შაინიძე, თამილა არდემანაშვილი, რომან მარგალითაძე, ლელა ებრალიძე).
